Fluminense

Trong mùa giải đầu tiên tại Fluminense, anh không thi đấu nhiều do chấn thương, và kết thúc mùa giải anh chỉ được ra sân 15 trận. Ở mùa giải tiếp theo anh là nhân tố quan trọng giúp Fluminense giành Copa Libertadores sau khi họ hạ LDU Quito trên loạt luân lưu.

Milan

Tháng 12 năm 2008, Thiago Silva gia nhập AC Milan với giá € 10 triệu. [3] Silva được coi như là một bản hợp đồng hiệu quả nhất của Milan kể từ tháng 7 năm 2009, từ khi câu lạc bộ đã mua được hai cầu thủ ngoài EU trong mùa giải 2008-09 (cụ thể là, Andriy Shevchenko [4] và Tabare Viudez). [4]

Ngày 8 Tháng 11 năm 2009, anh ghi bàn thắng đầu tiên của mình vào lưới Lazio. Trong trận mở màn mùa giải gặp Lecce c, anh ghi bàn thắng thứ hai trong chiến thắng 4-0 của đội. Milan đã giành vô địch Serie A, là danh hiệu đầu tiên của là một danh hiệu trong bảy năm qua, với Thiago Silva đóng vai trò chính. Thiago Silva đã chơi 39 trò chơi cho mùa giải Milan, chỉ dính lên một thẻ vàng trong mùa giải. Ngày 13 Tháng 9 năm 2011, anh ghi một bàn thắng ở phút cuối trong trận gặp FC Barcelona tại vòng bảng Champions League 2011-2012,từ một pha đá phạt góc của Clarence Seedorf. Đó là bàn thắng quyết định giúp Milan cầm hoà Barca 2-2 ngay tại Nou Camp. Và đó cũng là bàn thắng đầu tiên của silva trên đấu trường cấp cao nhất châu Au.

Ngày 17 Tháng Năm 2011, Milan đã thông báo rằng Thiago Silva gia hạn hợp đồng đến 30 tháng 6 năm 2016. [7]

Ngày 27 tháng 11 năm 2011, Thiago Silva đã được đeo băng đội trưởng và ghi bàn thắng mở tỉ số trong chiến thắng 4-0 thuyết phục trước Chievo.

Trong kỳ chuyển nhượng mùa hè 2012, nổi lên tin đồn CEO của Milan là Silvio Berlusconi đã quyết định bán anh sang Paris Saint-Germain với mức giá kỉ lục € 46 triệu. Vào ngày 2 tháng 7, anh gia hạn hợp đồng với Milan đến năm 2017.

Paris Saint-Germain

Ngày 14 tháng 7 năm 2012, Thiago Silva chính thức ký hợp đồng 5 năm với Paris Saint-Germain. Mức phí chuyển nhượng là € 42 triệu và anh nhận mức lương € 185000 mỗi tuần. Tại đây anh sẽ được tái ngộ người thầy cũ Carlo Ancelotti. Trong buổi họp báo ra mắt đội bóng mới, anh đã trải lòng về quyết định này:" Tôi rất buồn khi phải rời Milan, nhưng là một cầu thủ chuyên nghiệp tôi phải quen với điều đó. và tôi đẫ sẵn sàng với những thử thách mới cùng PSG".

Sau khi dính một số chấn thương nhỏ ở đầu mùa giải, cuối cùng Silva cũng có trận đấu đầu tiên cho đội bóng mới vào ngày 18 tháng 9 vào lượt trận đầu tiên của Champions League, ghi dấu ấn với một bàn thắng giúp đội hạ Dynamo Kyiv 4–1 tại sân Công viên các hoàng tử.[1] Cầu thủ người Brasil có trận đấu đầu tiên tại Ligue 1 là trận thắng Bastia 4-0 vào ngày 22 tháng 9, chơi đủ 90 phút.[2] Bàn thắng thứ hai của Silva cho PSG đến từ chấm penalty, ghi bàn thắng quyết định trong trận Le Classique, chiến thắng 2–0 trước Marseille vào vòng 16 của Cúp Liên đoàn bóng đá Pháp 2012-13 vào ngày 31 tháng 10.[3]

Vào ngày 22 tháng 8 năm 2013, Silva đã ký bản hợp đồng có thời hạn một năm với đối tác PSG, anh sẽ ở lại câu lạc bộ tới năm 2018.[4]